Федеральное агентство морского и речного транспорта было образовано в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 09.03.2004 номер 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» и вошло в ведение Министерства транспорта Российской Федерации.

С целью осуществления государственной политики в области морского и речного транспорта Постановлением 371 Правительства Российской Федерации от 23.07.2004 было утверждено Положение о федеральном агентстве морского и речного транспорта.

Федеральное агентство морского и речного транспорта (Росморречфлот) является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом, а также правоприменительные функции в сфере морского и речного транспорта, в том числе в отношении морских рыбных портов в целях развития транспортного комплекса.

Росморречфлот осуществляет полномочия компетентного органа в области морского и внутреннего водного транспорта по выполнению обязательств, вытекающих из международных договоров Российской Федерации, в части выполнения функций по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом.

Деятельность Росморречфлота направлена на реализацию целей и задач, определённых посланиями Президента Российской Федерации, решениями Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации и коллегии Министерства транспорта Российской Федерации, Транспортной стратегией Российской Федерации на период до 2030 года.

Приоритетными направлениями в деятельности Росморречфлота являются развитие современной и эффективной инфраструктуры морского и внутреннего водного транспорта, обеспечение доступности, объема и конкурентоспособности морского и внутреннего водного транспорта по критериям качества для грузовладельцев на уровне потребностей инновационного развития экономики страны, интеграция в мировое транспортное пространство и реализация транзитного потенциала России, повышение уровня безопасности мореплавания и судоходства.