Центр дополнительного профессионального образования (ЦДПО) был организован в 2008 году как подразделение Центра переподготовки и повышения квалификации, существующего с 1978 года и Центра конвенционной подготовки и сертификации, созданного в 1995 году.

В 2015 году в результате реорганизации был образован единый Центр дополнительного профессионального образования на базе которого осуществляется подготовка по всем программам ДПО.

Центр дополнительного профессионального образования «СГУВТ» имеет развитую инфраструктуру и отвечает международным и российским требованиям. В учебном процессе принимают участие ведущие преподаватели Университета, инструктора имеющие большой опыт работы в командных должностях на морских судах и судах внутреннего водного плавания, руководители отраслевых предприятий, представители бизнес-структур и пр.

Центр дополнительного профессионального образования ведет подготовку и переподготовку по 113 программам, что позволяет обеспечить повышение квалификации и профессиональную переподготовку кадрового состава отрасли водного транспорта. Университет имеет подписанное соглашение с Минтрансом РФ о признании в области подготовки членов экипажей морских судов (Соглашение № 10-38-07 от 28.05.2015), что позволяет слушателям получать дипломы и квалификационные свидетельства для работы на морских судах заграничного плавания. Центр дополнительного профессионального образования ФГБОУ ВО «СГУВТ» имеет сертификат соответствия Российского Морского Регистра Судоходства № 15.063.327 от 30.07.2015 г., что система менеджмента и качества была проверена и признана соответствующей требованиям стандарта ISO 9001:2008.