Материально-техническая и учебно-лабораторная база унивеситета удовлетворяет требованиям учебного процесса в соответствии с действующими учебными планами и программами.

Университет располагает в Новосибирске тремя учебно-лабораторными корпусами, корпусом водно-спортивной подготовки с плавательном бассейном, геобазой, русловым гидродинамическим комплексом, спорткомплексом. Учебно-лабораторная база униерситета соответствует повышению качества обучения путём приобщения студентов к работе на современных экспериментальных установках и устройствах. Основные из них:

  • опытовый бассейн для испытания моделей судов, как построенных, так и нового типа;
  • русловой гидродинамический комплекс;
  • экспериментальных исследований на гидравлических русловых моделях;
  • лаборатория технических средств судовождения;
  • тренажеры ГМССБ и электронной картографии;
  • комплексный судоводительский тренажёр;
  • лабораторию борьбы за живучесть судна;
  • тренажер судомеханика;
  • лабораторию управления транспортным процессом;
  • лабораторию судовых двигателей внутреннего сгорания, оборудованную современной измерительной аппаратурой и уникальными приборами, в том числе изготовленными самими кафедрами;
  • учебно-производственные мастерские для проведения практик студентов;
  • 5 учебных судов, в том числе 2 на воздушной подушке;
  • учебно-производственное судно типа река-море, оборудованное современной аппаратурой для проведения морских практик студентов и совершающее рейсы в Японию, Китай и Корею;
  • яхт-клуб с учебными и спортивными яхтами в количестве 19 единиц;
  • учебный вычислительный центр, оборудованный современными компьютерами;
  • 24 компьютерных класса.