Попечительский совет - коллегиальный орган управления Университетом, объединяющий на добровольной основе лиц, заинтересованных в развитии Университета.

Порядок формирования и компетенция Попечительского совета определяются Уставом Университета и Положением о Попечительском совете Университета.

Состав Попечительского совета:

Крикунов Виктор Алексеевич    Ветеран Военно-Морского флота, капитан I ранга, заслуженный специалист Вооруженных сил СССР,
член президиума Новосибирского областного совета ветеранов войны, труда, военной службы
и правоохранительных органов, председатель Попечительского совета
     
Кушнир Виктор Васильевич    Генеральный директор ОАО «Сибиар»
Новаков Алексей Андреевич   Директор Заполярного транспортного филиала ПАО «ГМК «Норильский Никель»
Байкалов Владимир Викторович   Руководитель ФБУ «Енисейречтранс»
Кноль Владимир Антонович   Председатель совета директоров АО «Томская судоходная компания»
Павлушкин Сергей Валентинович   Руководитель ФБУ «Администрация Обского бассейна внутренних водных путей»
Снытко Павел Владимирович   Руководитель ФБУ «Администрация Ленского бассейна внутренних водных путей»
Хен Олег Гивенович   Директор ООО «Электротехнические системы Сибирь»
Макаров Владимир Алексеевич   Директор Западно-Сибирского филиала «Российский Речной Регистр»
Чесноков Роман Александрович   Руководитель ФБУ «Администрация Обь-Иртышского бассейна внутренних водных путей»
Абрамчик Валентин Гаврилович   Председатель Новосибирского Морского собрания
Франк Виктор Александрович   Генеральный директор ООО «Бийский речной порт»