Во время подготовки к конференции, а также во время ее проведения был допущен ряд нарушений законодательства и положений по процедуре выборов и ведению конференций. Нарушения были выявлены после проведения конференции, их действительное наличие подтверждено комиссией по выборам ректора. Ученый совет Академии, как орган обеспечивающий контроль за соблюдением законодательства, принял решение считать выборы ректора Академии 28.11.2012 г. проведенными с нарушениями законодательства, не позволяющими достоверно установить волеизъявление коллектива.
Федеральное агентство морского и речного транспорта, как учредитель ФБОУ ВПО «НГАВТ», приняло к сведению сложившуюся ситуацию.
После разработки документов, исключающих вышеизложенное положение Ученый совет Академии примет решение о проведении процедуры выбора ректора Академии в установленном законом порядке.